Ličio jonų akumuliatoriai gali kelti didelį pavojų saugai tokiomis sąlygomis kaip perkaitimas, perkrovimas ir trumpasis jungimas.
Pirma, perkaitimas gali sukelti elektrolito išsiplėtimą ir skilimą, todėl gali susidaryti didelis kiekis dujų, kurios padidina vidinį slėgį akumuliatoriuje. Tai gali lengvai sukelti saugumo incidentus, tokius kaip degimas ir sprogimai, o tai gali sukelti grėsmę asmens saugumui ir turtui.
Antra, per didelis įkrovimas gali sukelti akumuliatoriaus oksidaciją, koroziją ir kitas reakcijas, dėl kurių elektrolite esantys tirpikliai suyra ir gali susidaryti degios dujos. Tai padidina vidinį slėgį ir gali kilti sprogimo ir gaisro pavojus.
Galiausiai trumpojo jungimo atveju cheminių reakcijų greitis akumuliatoriuje labai padidėja, todėl susidaro didelis šilumos kiekis, kuris greitai pakelia temperatūrą. Jei šios šilumos nepavyks veiksmingai išsklaidyti, akumuliatorius gali plyšti arba sprogti, dėl to gali išsiskirti toksiškos dujos, dar labiau padidinant pavojų saugai.
Todėl naudojant ličio jonų baterijas labai svarbu imtis veiksmingų priemonių, kad būtų išvengta perkaitimo, perkaitimo ir trumpųjų jungimų, kad būtų užtikrintas saugus naudojimas.